水是21世纪最重要的战略资源，是人类生存、环境改善和经济发展的根本。水利科学与工程专业涉及水资源高效利用与管理、江河治理及管理、水利水电工程、智慧水利、生态水利、岩土与地下工程、建设项目管理等领域；在“建设海洋强国”的国家战略背景下，正大力发展“海洋科学与工程”学科，是具有先进治学理念和广泛国际竞争力的复合型专业。

2016年，“水利水电工程”专业调整为“水利科学与工程”。2017年，根据学校大类招生计划，按土木大类招收本科生。同年，开设“海洋科学与工程”本科辅修专业。2018年土木大类实行大类培养。学生进入大类后的前两年实施大类通识教育，后两年需完成一个主修专业方向和至少一个辅修专业方向的课程学习。

专业实施“本硕贯通”和“本博贯通”教育模式，以强化“宽口径、厚基础、强实践、多样化”的通识教育和专业教育融合，旨在培养拥有扎实基础、复合能力、创新精神和国际视野的领军人才，满足未来社会对创新型和复合型杰出人才的需求。水利科学与工程专业就业前景广阔，面向资源利用、能源开发、城市化建设等国民经济重点领域，同时辐射交通、金融、环境、公共管理等多个行业。毕业生的适应能力强。

在学生教育方面除长期坚持班主任和辅导员制度以外，近年来还引入了本科生导师制度，并已逐渐形成一套行之有效的育人体系。水利系设有完整的奖助学体制，除校设各项奖助学金之外，系内还设有张光斗优秀奖学金、钱宁奖学金、吴朝玉奖学金、雅砻江水电奖学金、云南辉固奖助学金等多项奖助学，约有 2/3 以上的在校学生可获得资助。