根据学校大类招生计划，按土木大类招收本科生。开设海洋科学与工程本科辅修专业。

水利系人事制度改革全面启动。本科招生专业名称调整为“水利科学与工程”。开始采用申请审核制招收博士研究生。

清华大学建校100周年，胡锦涛总书记考察水利学科教学科研与人才培养工作。新水利馆加固改造完成。清华大学水利系校友会成立。2012年，庆祝建系60周年。2013年，水沙科学与水利水电工程国家重点实验室评估优秀。

2008年，水沙科学与水利水电工程国家重点实验室通过科技部评估和验收，评估优秀。2009年，《水文学原理及应用》被评为国家级精品课。

在教育部组织的全国一级学科评估中，清华大学水利工程学科综合排名第一。2005年，清华大学水沙科学与水利水电工程重点实验室获批筹建，《水力学》被评为国家级精品课。2006年，科技部批准筹建水沙科学与水利水电工程国家重点实验室。《土力学》被评为国家级精品课。2007年，张光斗先生奉献祖国水利水电事业70周年，胡锦涛总书记发来贺信。《水工建筑学》被评为国家级精品课。

清华大学土木水利学院成立，下设水利水电工程系，土木工程系，建设管理系；水沙科学教育部重点实验室成立。2001年，水力学及河流动力学、水工结构工程被评为全国重点学科。2002年，建系50周年，“智者乐水，仁者乐山”雕塑落成。

1994年，雷志栋教授任系主任。1996年，开始实施六年制本硕统筹培养模式。1998年获准按一级学科培养博士研究生。1999年，系内机构改革，撤销教研组，按二级学科或相近二级学科的组合设立研究所和系列课程教学组。

1985年，董曾南教授任系主任。1988年，水利工程系更名为水利水电工程系；水工结构工程被评为全国重点学科。1991年，高坝大型结构国家专业实验室成立。

1978年，三门峡基地撤销，教师陆续搬回北京，张宪宏教授任系主任，全面恢复高考招生。1981年，泥沙实验室落成；水工结构工程、水力学及河流动力学、岩土工程成为教育部批准的首批博士点。

1952年，院系调整，清华大学成立水利工程系，张任教授任系主任；系内设水工结构、水能利用和水力学三个教研组，张光斗教授、施嘉炀教授和夏震寰教授分别担任教研组主任。1955年，新水利馆落成。1958年，水利电力部清华大学水利水电勘测设计院成立，张光斗教授任院长；遵照周恩来总理的指示，水利系主持密云水库 设计任务，开始教学、生产、科研三结合的办学模式。1959年招收首批研究生。1969年，水利系师生陆续去往三门峡基地实施开门办学。

1951年，教育部决定在清华大学工学院设立水利工程系和水力发电工程系，施嘉炀教授和张光斗教授分别担任系主任。

1926年，清华大学工学院设立土木工程系，其中的水利组成为水利系的前身。1933年，旧水利馆（水力实验馆）落成。