水利系现有在校全日制研究生300余人，按照入学年份共设5个博士生班和2个硕士生班。长期以来，水利系研究生开展了丰富多样的活动、谱写了水利研究生生活的华彩乐章，在学校具有广泛的影响，例如“一二·九”革命歌曲演唱会三连冠、“水经筑”研究生节等。其中，水博11等班级先后获得清华大学先进班集体、北京市“先锋杯”优秀基层团支部等荣誉，水利系研究生团总支多次获得“清华大学优秀研团总支”称号。