2025年，成立水木书院，本科生培养全部纳入书院；牵头成立雅江研究院。

2023年，国家重点实验室启动重组，更名为水圈科学与水利工程全国重点实验室。

2022年，庆祝建系70周年；获批筹建水利部水圈科学重点实验室。

2020年，在未央书院和行健书院共同实施理工融合本科人才培养的“强基计划”；牵头成立清华大学海洋工程研究院。

2018年，设立“土木、水利和海洋工程”本科专业，并实施大类招生和大类培养；水沙科学与水利水电工程国家重点实验室评估优秀。

2017年，根据学校大类招生计划，按土木大类招收本科生；开设海洋科学与工程本科辅修专业。

2016年，水利系人事制度改革全面启动；本科招生专业名称调整为“水利科学与工程”；开始采用申请审核制招收博士研究生。

2013年，水沙科学与水利水电工程国家重点实验室评估优秀。

2012年，庆祝建系60周年。

2011年，清华大学建校100周年，胡锦涛总书记考察水利学科教学科研与人才培养工作；清华校友总会水利分会成立。

2009年，《水文学原理及应用》被评为国家级精品课。

2008年，水沙科学与水利水电工程国家重点实验室通过科技部评估和验收，评估优秀。

2007年，张光斗先生奉献祖国水利水电事业70周年，胡锦涛总书记发来贺信；《水工建筑学》被评为国家级精品课。

2006年，科技部批准筹建水沙科学与水利水电工程国家重点实验室；《土力学》被评为国家级精品课。

2005年，在教育部组织的全国一级学科评估中，清华大学水利工程学科综合排名第一；清华大学水沙科学与水利水电工程重点实验室获批筹建；《水力学》被评为国家级精品课。

2002年，建系50周年，“智者乐水，仁者乐山”雕塑落成。

2001年，水力学及河流动力学、水工结构工程被评为全国重点学科。

2000年，清华大学土木水利学院成立，下设水利水电工程系，土木工程系，建设管理系；水沙科学教育部重点实验室成立。

1999年，系内机构改革，撤销教研组，按二级学科或相近二级学科的组合设立研究所和系列课程教学组。

1998年，获准按一级学科培养博士研究生。

1996年，开始实施六年制本硕统筹培养模式。

1994年，雷志栋教授任系主任。

1991年，高坝大型结构国家专业实验室成立。

1988年，水利工程系更名为水利水电工程系；水工结构工程被评为全国重点学科。

1985年，董曾南教授任系主任。

1981年，泥沙实验室落成；水工结构工程、水力学及河流动力学、岩土工程成为教育部批准的首批博士点。

1978年，三门峡基地撤销，教师陆续搬回北京，张宪宏教授任系主任，全面恢复高考招生。

1969年，水利系师生陆续去往三门峡基地实施开门办学。

1959年，招收首批研究生。

1958年，水利电力部清华大学水利水电勘测设计院成立，张光斗教授任院长；遵照周恩来总理的指示，水利系主持密云水库设计任务，开始教学、生产、科研三结合的办学模式。

1955年，新水利馆落成。

1952年，院系调整，清华大学成立水利工程系，张任教授任系主任；系内设水工结构、水能利用和水力学三个教研组，张光斗教授、施嘉炀教授和夏震寰教授分别担任教研组主任。

1951年，教育部决定在清华大学工学院设立水利工程系和水力发电工程系，施嘉炀教授和张光斗教授分别担任系主任。

西南联大时期，土木工程系将原有的两个组调整为结构工程、水利工程、铁路及道路工程、市政及卫生工程四个专业组。

1933年，旧水利馆（水力实验馆）落成。

1929年，清华大学设立土木工程系，分铁路及道路工程、水利及卫生工程两组。

1926年，清华大学设立工程学系，下设电机、机械、土木三科。