清华大学水利学科发端于1929年设立的土木工程系水利及卫生工程组。1952年，清华大学水利工程系建立。1988年，更名为水利水电工程系（简称水利系）。2000年，组建土木水利学院，设土木工程系、水利水电工程系、建设管理系。

清华大学水利系的学科布局覆盖水利工程一级学科的全部二级学科（水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口海岸与近海工程）以及归属于土木工程一级学科的岩土工程学科和归属于管理科学与工程一级学科的建设项目管理学科。

水利系现设有五个所级研究机构，分别为河川枢纽与建设管理研究所、岩土工程研究所、水文水资源研究所、河流与生态研究所、水力学研究所，同时依托水利系建有水圈科学与水利工程全国重点实验室、海洋工程研究院、雅江研究院和水利部水圈科学重点实验室。

水利系本科生2025年开始全面转入书院培养。水利系面向水木书院、行健书院和未央书院开设本科生课程。《水力学》《土力学》《水工建筑学》《水文学原理与应用》四门课程获评国家级精品课。水利系拥有水利工程和土木工程博士学位授予权，现有在读研究生近400人，其中博士生约350人，硕士生约50人。

水利系现有在职教师60余人，其中两院院士3人，超过一半教师获得各类国家级人才称号。高校青年教师奖获得者2人、北京市高等学校教学名师3人；有1个国家自然科学基金委员会创新研究群体及2个教育部创新研究团队。水利系设有博士后流动站，目前在站博士后近100人。

水利系拥有旧水利馆（1933年落成）、新水利馆（1955年落成）、泥沙馆（1981年落成），实验室面积超过5000平米。

水利系培养的毕业生遍布祖国大江南北，活跃在国家水利水电建设的各条战线上，许多人已成长为学术大师、兴业英才、治国栋梁。他们中有中国科学院院士、中国工程院院士，有企业负责人、总工程师，有省长、部长以及党和国家领导人。在2002年清华大学水利系建系50周年之际，水利系65届校友捐建“人”字型纪念雕塑，取名为“智者乐水，仁者乐山”，由山石与流水组成“人”体现了学校最根本的任务是培养优秀的人才。

清华大学进入新的发展阶段，水利系也迎来新的发展机遇，在全系师生的共同努力和社会各界的大力支持下，水利系将更加开拓进取，为中国的水利教育事业和水利水电建设贡献新的更大的力量！