清华大学土木工程系的地下工程研究始于上世纪60年代，当时主要从事人防地下结构抗爆方面的研究。1970年成立了地下建筑教研组，面向国家建设的需要积极开展地下防护工程及地下铁道设计与施工等方面的教学与科研, 并作为土木工程系主要的专业教研组先后招收、培养了7届地下工程专业的大学生。80年代以来，土木工程系相继发展了交通工程与桥梁工程学科，与地下建筑教研组组成地下建筑与城市交通教研组，地下工程学科的研究逐步发展为包括地下结构、基坑支护、地基基础、城市地下空间开发利用等多方面，涉及结构工程、岩土工程、地下建筑学与城市规划等的交叉领域。2000年，地下工程学科与桥梁工程学科一起成立地下工程与桥梁工程研究室。2006年，与建筑工程设计研究所合并成立地下工程研究所，承担地下工程及建筑工程领域的教学、科研、检测、设计及规划等工作。
　　地下工程研究所现有在职教师7名，其中教授3名，副教授3名，讲师1名。在职教师中1人具有国家一级注册建筑师资质、2人具有国家一级注册结构工程师资质。
地下工程研究所承担本科生及研究生的教学工作，在进行大土木工程学科的建设方面起着重要的作用。开设本科生课程8门（其中必修3门），研究生课程2门, 并在所涉及的各个研究方向具有招收博士和硕士研究生的资格，还可接收博士后来站从事研究工作。现有在站博士后、在读博士和硕士研究生二十多名。
　　地下工程研究所一直紧密结合国家地下工程及建筑工程建设需要开展研究及设计工作，同时瞄准国际前沿课题，取得了一定具有国际水平的研究成果。近年来先后主持承担国家自然科学基金项目4项、省部级自然科学基金及其他纵向课题9项，参加国家重点建设项目润扬长江大桥北锚碇50m特深基坑等工程的分析咨询工作，完成各类横向合作项目二十几项。先后承担并完成北京胜古庄高层住宅、清华大学主楼加固加层改造、最高人民法院改扩建、国家地震紧急救援训练基地可控地震废墟等多项难度大有影响的工程设计。近5年来本所发表的学术论文有50多篇为SCI、EI所收录，论文内容覆盖地下工程及建筑工程的多个方面。
　　地下工程研究所还是中国建筑学会建筑施工学术委员会基坑工程专业委员会的挂靠单位。研究所的教师兼任基坑工程专业委员会副主任委员，土力学及岩土工程分会、隧道及地下工程分会、地下工程与地下空间学会、防护工程学会理事，国家地质灾害研究会防治工程专业委员会、全国建筑物鉴定与加固委员会、砌体结构委员会、地基处理学术委员会、木结构专业委员会委员等职。本所教授还兼任《清华大学学报》（自然科学版）、《工程力学》、《岩土工程学报》、《岩土力学》、《中国矿业大学学报》（英文版）等刊物的编委。此外，研究所与美国哥伦比亚大学、荷兰Delft工业大学等国际著名高校的同行有长期的交流合作。

近年完成主要项目